Вы воспользовались не своими деньгами, а теперь ищете как бы избежать штрафа за это
Не факт. Здесь можно трактовать и так, что банк не имел права списывать. Если возникла ошибка, а она могла возникнуть не в банке, а в организации, то организация должна была сама разбираться с клиентом (своим работником).
Если ошибка возникла в банке (это он дважды зачислил зарплату), то он должен был предупредить об этом клиента и потребовать вернуть деньги. И только потом списывать в овердрафт.
По любому клиента должны были предупредить. А если там все было законно (ему и должны были двойную зарплату перечислить)? Откуда он знал, что нет? Короче, у организации и банка могло не быть оснований так поступать. Надо разбираться с ними и, возможно, судиться. Их позиция не особо выигрышная (для более точного диагноза надо знать детали).
Привыкли кругом работников (клиентов) крайними делать

Например запрос на списание был сделан Вашей бухгалтерией и банк просто выполнил операцию
А кто ей дал право выставлять платежное требование на физлицо? И на каком основании? А банку исполнять его путем списания со счета в овердрафт? Банк не захотел портить отношения с организацией? А клиенты-физлица для него мусор? Или бесправные лохи?